آيت ا... شيخ محمدباقربهاري پسر محمدجعفر، مجتهد متنفذ و از رهبران مشروطه خواه همدان به نوشته فرزندش در سال 1275 و به قول ديگر در سال 1277 در روستاي بهار همدان به دنيا آمد. دركودكي بعلت ناتواني در فراگيري از مكتب اخراج شد، اما بعدها به عنوان يكي از علماي بزرگ همدان شناخته شد. ابتدا نزد پدرش درس خواند سپس به همدان رفت و مقدمات را نزد محمداسماعيل همداني فرا گرفت. بعد از آن به بروجرد رفت و نزد ميرزا محمودطباطبايي، صاحبت المواهب (شرح منظومه بحرالعلوم) دروس سطح را به پايان رسانيد. پس از طي مراحل بعدي تا درس خارج، در سال 1297 به نجف رفت. اخلاق و سلوك و حكمت را نزد علامه بزرگ ملاحسين قلي همداني شوندي آموخت و از شاگردان خاص او شد.

استادان او در نجف عبارت بودند از ميرزا محمدحسن شيرازي. شيخ محمدحسين كاظمي، ملامحمد شربياني، ملامحمد ايرواني، حاج ميرزا حسين خليلي، شيخ حسين مامكاني، شيخ محمد طه نجف، ميرزا حبيب ا... رشتي و نيز آخوند ملامحمد كاظم خراسان و شيخ لطف ا... مازندراني.

در اوايل سال 1329 كه هيأت اتحاديه با عضويت شصت هفتاد تن از علماي اعلام تشكيل شد. شيخ باقر به رياست آن برگزيده شد و گويا رياست انجمن ولايتي را به امام جمعه همدان واگذاشت. مخالفت بهاري با سالار الدوله، برادر محمد عليشاه كه كردستان راتصرف كرده بود به حدي بالا گرفت كه نيروهاي سالار، قصد به توپ بستن منزل او را داشتند. اما حمله مردم و طرفداران بهاري به ايشان مانع اين امر شد. عوامل محمدعليشاه و سالارالدوله، چندين بار قصد ترور بهاري را داشتند كه موفق نشدند. بهاري در رجب 1332، خود را نامزد نمايندگي دوره سوم مجلس همدان كرد. اما رأي نياورد. ظاهراً سختگيريهاي او در اجراي حدود و احكام شرعي تا حدي از مقبوليت او كاست و سرانجام او را خانه نشين كرد. وي در طول زندگي خود به شاه، وزير و وكلا، نيز در باب جلوگيري از منهيات و امر به معروف و موارد ديگر تذكرهايي داد كه برخي از تلگرافهاي او در اين خصوص موجود است. بهاري بيشتر اوقات خود را به تدريس و تأليف گذراند. او نزديك به شصت كتاب و رساله در موضوعاتي چون فقه، حديث، اصول و رجال به فارسي و عربي تأليف كرد.

از جمله: الفوائد الاصوليه در موضوع تسامح در ادله سنن، دعوت الرشاد در رد اشاعره، رو الجوامع در علم رجال، الجمع بين فاطميتين. اعلان الدعوه و الدعوه الحسنينه در استحباب گريه كردن براي امام حسين (عليه السلام) الدره الغرويه و... الحسينه در سه جلد، در.... حضرت سيد الشهداء (ع)، رساله اي درباره صلات،رساله الوجيزه در غيبت امام عصر عليه السلام آيه كن فيكون رساله اي در باره اينكه اين آيه در تاييد عقايد....... نيست.

التنبيه علي امرالكتب درباره تحريف در نسخه هاي چاپ شده در بعضي كشورهاي اسلامي، تسديد المكارم و تفضيح الظالم، در بيان تحريف نسخه چاپ شده كتاب مكارم الاخلاق طبري چاپ 1303 مصر، وي همچنين داراي حواشي و رويه هايي است كه در كتاب دانشمندان اسلام جلد 4 آمده است.

علّامه بهاري از نگاه بزرگان

مرحوم آيت الله سيد محسن امين در كتاب " اَعيَانُ الشِّيعَه " در وصف شخصيت آقا شيخ محمد باقر مي نويسد: " كَانَ عَالِمَا فَاضِلَا مُحَدِّثَا رِجَاِليَّا اَخلَاقِيَّا آمِرَا بِالمَعرُوفِ وَ نَاهِيَا عَنِ المُنكَرِ وَ كَانَ مِن خَواصِّ تَلَامِذَهِ آخُوند مُلّاحُسَينقُلِي الهَمَدانِي الاَخلَاقِي المَشهُور وَ عَنهُ اَخَذَ عِلمَ الاَخلاقِ وَ تَهذِيبَ النَّفسِ" يعني: " او شخصيتي بود دانشمند، فاضل، محدث، رجالي، اخلاقي، آمر به معروف و ناهي از منكر و از شاگردان برجسته و ويژه آخوند ملا حسينقلي همداني (نادره اعصار آيت اله العظمي ملاحسينقلي شوندي درجزيني رزني) اخلاقي مشهور و علم اخلاق و تهذيب نفس را از ايشان آموخت.

مرحوم شيخ آقا بزرگ تهراني در كتاب " نُقَبَاءُ البَشَرِ فِي اَعلامِ القَرنِ الرَّابِعَ عَشَر " مي نويسد: " كَانَ وَرِعَا، تَقِيَّا، شَدِيدا فِي الاَمرِ بِالمَعرُوفِ وَ النََّهْيِ عَنِ المُنكَر، عَارِفَا سَالِكَا مُهَذَّبَا... " يعني: " او عالمي بود پارسا، پرهيزگار، جدي در امر به معروف و نهي از منكر، عارفي سالك و مُهذَّب.... "

حجه الاسلام و المسلمين حاج شيخ اسدا... حيدري در كتاب ارزشمند خود به نام " حكيم اصحاب " (انتشارات مفتون همداني - چاپ اول - 1380- صفحه 175) نقل مي كنند كه در سفري كه به خدمت مرجع عاليقدر آيت اله العظمي شهاب الدين مرعشي نجفي شرفياب مي شوند ايشان از آقا شيخ محمدباقر بهاري با القابي چون " آيت الحق، آيت اله العظمي، علّامه المتبحر المُجاهد " ياد مي فرموده اند.