سید جعفر شهیدی در سال 1297 در خانواده ای مذهبی در بروجرد به دنیا آمد و تحصیلات عمومی خود را همانجا و در کنار خانواده اش گذراند.
در سال 1320 براي تحصيل علوم ديني و فقه و اصول راهي نجف شد، اما بعد از هشت سال، به علت بیماری و نیاز به مراقبت دایمی به ایران بازگشت. وي جواز اجتهاد در رشته فقه و اصول خود را هنگام تحصيل در حوزه علميه نجف اشرف كسب كرد.
در سال ۱۳۳۰ به تدريس در دبيرستان هاي تهران پرداخت و در همان سال انتشار مجله فروغ علم را عهده دار شد.
در هنگام تدریس و اشتغال مدرک کارشناسی الهیات را کسب کرد و در سال 1328 با دعوت عل اکبر دهخدا به همکاری با وی پرداخت.
شهیدی در سال 1340 مدرك دكتري ادبيات فارسي خود را در رشته تاريخ و ادبيات از دانشكده ادبيات دانشگاه تهران دريافت كرد و از همان سال به تدریس در دانشگاه پرداخت.
در سال ۱۳۴۲معاونت موسسه دهخدا را بر عهده گرفت و در سال ۱۳۴۶ همكاري با دكتر محمد معين در تهيه فرهنگ فارسي معين نقش داشت.
شهيدي در سال ۱۳۷۳با سفري به چين، استادي افتخاري را از دانشگاه پكن گرفت.
تاليف كتاب "مهدويت در اسلام" در " ،۱۳۲۴جنايات تاريخ"، (جلد اول و دوم)، " ،۱۳۲۷جنايات تاريخ"،(جلد سوم)، " - ۱۳۲۹چراغ روشن در دنياي تاريك يا زندگاني امام سجاد" از جمله كارهاي تاليفي استاد شهيدي است.
وي همچنين در سال ۱۳۳۵ تاليف "در راه خانه خدا"، در ،۱۳۵۶تاليف كتاب "پس از پنجاه سال (پژوهشي تازه پيرامون قيام امام حسين عليه السلام)" و در " ،۱۳۵۸شرح لغات و مشكلات ديوان انوري" را به رشته تحرير در آورد.
در " ۱۳۵۸تاريخ تحليلي اسلام" و "تاريخ تحليلي اسلام تا پايان امويان"، را نوشت و در " ۱۳۶۲زندگاني حضرت فاطمه (ع)" و نيز در " ۱۳۶۰آشنايي با زندگاني امام صادق(ع)" را به رشته تحرير درآورد.
"زندگاني علي بن الحسين (ع)"، "ستايش و سوگ امام هشتم در شعر فارسي"، "عرشيان"، "شرح مثنوي شريف"، "جلد چهارم ( دنباله كار ۳جلد مرحوم فروزانفر) و جزء ۵و ۶دفتر دوم)"، "شرح مثنوي دفتر سوم"، "از ديروز تا امروز (مجموعه مقاله ها) به كوشش هرمز رياحي و شكوفه شهيدي، "علي از زبان علي (شرح زندگاني امير مومنان)"، از ۱۳۷۰ تا ۱۳۸۴ نيز شرح مثنوي دفتر چهارم، پنجم و ششم را نوشت.
تصحيح آثاري چون "تصحيح آتشكده آذر اثر لطفعلي بيك آذر بيگدلي"، به همراه مقدمه، فهرست و تعليقات سيد جعفر شهيدي از آثاري تصحيحي او است.
او در سال ۱۳۳۷ " تصحيح دره نادره اثر ميرزا مهديخان استرآبادي"، و در ۱۳۴۱ تصحيح "براهين العجم"، اثر محمد تقي سپهر را به همراه تهيه حواشي و تعليقات تصحيح كرد.
"ابوذر غفاري نخستين انقلابي اسلام"، "شير زن كربلا اثر بنت الشاطي"، "انقلاب بزرگ اثر دكتر طه حسين" و "نهج البلاغه" از آثار ترجمه اي او هستند.
"محمد خاتم پيامبران"، مقاله از ولادت تا بعثت، ج اول و از بعثت تا هجرت، ج دوم، " ،۱۳۴۷يادنامه علامه اميني"، " -۱۳۵۱محيط ادب" (مجموعه سي گفتار به پاس پنجاه سال تحقيقات و مطالعات سيد محمد محيط طباطبايي)، با همكاري حبيب يغمايي، محمد ابراهيم باستاتي پاريزي و ايرج افشار، ۱۳۵۷ نيز از مقالات منتشر شده استاد سيد جعفر شهيدي هستند.
كتاب "پس از پنجاه سال (قيام حسين) او به زبان هاي عربي، انگليسي، تركي استانبولي، تركي آذربايجاني، ژاپني و اردو، ترجمه شد و نيز كتاب زندگاني حضرت فاطمه به زبان تركي استانبولي و عربي و همچنين تاريخ تحليلي اسلام به زبان هاي عربي، يوناني ترجمه شده است.
استاد شهيدي همچنين بيش از يكصد مقاله به زبان فارسي و عربي دارد كه قسمتي از مقاله هاي فارسي او در مجموعه اي به نام (از ديروز تا امروز) گردآوري و چاپ شده و مقاله هاي عربي او نيز در مجله هاي ايران، الجزيره و عراق چاپ شده اند.
او كتاب هايي نيز دارد كه به دريافت جايزه نايل شده اند كه از جمله آنها مي توان به "دره نادره، "زندگاني فاطمه زهرا (س)"، "نهج البلاغه" و "شرح مثنوي" اشاره كرد.